При перитонеальном эндометриозе могут проявляться точечные, красные, розовые, желтые, синие, коричневые или белые пятна, кусочки или узелки с несколько приподнятой или морщинистой поверхностью.
Макроскопический вид имплантов перитонеального эндометриоза зависит от их локализации, активности, давности процесса, дня менструального цикла. Доминирующий цвет гетеротопий определяется особенностями кровоснабжения, количеством геморрагий и фиброзной ткани, их размером, степени отека, количеством сгущенного материала. Эти перитонеальные поражения могут напоминать таковые при эктопической беременности (некрозы), фиброзной реакции на шовный материал, гемангиоме, адреналовых и Вальтардових остатках, рака молочной железы, яичников, эпителиальных инклюзийных костях. С перитонеальным эндометриозом следует дифференцировать резидуальные изменения после лазерных хирургических вмешательств при воспалении брюшины, реакции брюшины на введение жирорастворимых контрастных веществ при гистеросальпингографии и т.д..
Новые ячейки являются маленькими, пузырькоподобными имплантами менее 1 см в диаметре. Сначала эти зоны возвышаются над поверхностью окружающих тканей. Красные, наполненные кровью поражения наблюдаются, по гистологическим и биохимическим данным, в наиболее активную фазу заболевания. Со временем эндометриоидные эктопии расширяются и набирают светлый или коричневатый окрас (порохоподобные зоны, «шоколадные кисты»). Запущенные поражения характеризуются более интенсивным рубцеванием и обычно являются сморщенными или возвышенными над окружающими тканями.